Le parc marin national des récifs de Cozumel protège 29 066 hectares de formations coralliennes le long de la côte sud-ouest de l'île, désigné en 1996 par décret fédéral pour sauvegarder le deuxième plus grand système de barrière de corail de l'hémisphère occidental. Le parc englobe plus de soixante sites de plongée nommés, mais trois récifs — Palancar, Colombia et Paradise — constituent la base de la plupart des itinéraires de snorkeling récréatif en raison de leur profondeur allant de trois à douze mètres et d'une clarté annuelle dépassant vingt-cinq mètres par temps calme. Le récif de Palancar s'étend seul sur cinq kilomètres et descend en terrasses ; ses doigts peu profonds abritent du corail corne d'élan, du corail cerveau et de vastes colonies de gorgones qui s'inclinent dans le courant du Yucatan. Le récif de Colombia, situé plus au sud, présente des parois verticales parsemées de passages et de crevasses où des raies aigles tachetées et des tortues marines vertes glissent entre les rebords. Le récif de Paradise, le plus septentrional et le moins profond du trio, se trouve à moins de dix minutes du quai international et sert de site d'acclimatation pour la plupart des excursions d'une demi-journée. L'architecture récifale de Cozumel doit sa densité à une particularité géologique : l'île repose sur une plate-forme calcaire submergée parsemée de sources d'eau douce alimentées par des cénotes, créant des remontées de nutriments qui soutiennent les polypes coralliens et les invertébrés filtreurs. Au milieu des années 1990, l'ancrage des navires de croisière et les opérateurs de plongée non réglementés avaient endommagé certaines parties des formations en éperons et sillons de Palancar ; la désignation de parc marin fédéral a introduit des bouées d'amarrage, des restrictions de zonage et les frais de conservation de 225 MXN par personne désormais collectés à tous les points d'entrée autorisés. Ces frais financent les navires de patrouille et les projets de restauration corallienne gérés par la CONANP, la Commission nationale des espaces naturels protégés. Une excursion de snorkeling en bateau sur les 3 récifs de Cozumel part des quais de Puerta Maya ou de Punta Langosta entre huit heures et midi, lorsque la vitesse du vent est inférieure à douze nœuds et que le clapot en surface reste minimal. Les opérateurs utilisent des pangas de vingt-six à trente-deux pieds équipés de radios VHF, de kits d'oxygène et de deux moteurs hors-bord capables de couvrir l'itinéraire de onze kilomètres jusqu'à Palancar en moins de trente minutes. La plupart des itinéraires prévoient quarante-cinq minutes par récif, les plongeurs entrant dans l'eau par des échelles arrière et dérivant le long de la crête du récif pendant que le bateau suit au-dessus. Le parc marin interdit de toucher au corail, de nourrir les poissons ou de porter de la crème solaire chimique ; des alternatives biodégradables et des t-shirts anti-UV couvrant tout le corps sont la norme sur les navires conformes.