Der Cozumel Reefs National Marine Park schützt 29.066 Hektar Korallenformationen entlang der Südwestküste der Insel und wurde 1996 per Dekret ausgewiesen, um das zweitgrößte Barriereriffsystem der westlichen Hemisphäre zu bewahren. Der Park umfasst über sechzig benannte Tauchplätze, aber drei Riffe – Palancar, Colombia und Paradise – bilden den Kern der meisten Freizeit-Schnorchelausflüge, aufgrund ihrer Tiefe von drei bis zwölf Metern und einer ganzjährigen Sichtweite von über fünfundzwanzig Metern bei ruhigen Bedingungen. Das Palancar-Riff allein erstreckt sich über fünf Kilometer und fällt in terrassenförmigen Stufen ab; seine flachen Finger beherbergen Elchgeweihkorallen, Hirnkorallen und riesige Kolonien von Seefächern, die sich in die Strömung des Yucatan lehnen. Das weiter südlich gelegene Colombia-Riff präsentiert vertikale Wände, die von Durchgängen und Spalten durchzogen sind, in denen gefleckte Adlerrochen und Grüne Meeresschildkröten zwischen den Felsvorsprüngen gleiten. Paradise Reef, das nördlichste und flachste der drei, liegt nur zehn Minuten vom internationalen Pier entfernt und dient als Akklimatisierungsort für die meisten Halbtagesausflüge. Die Riffarchitektur von Cozumel verdankt ihre Dichte einer geologischen Besonderheit: Die Insel liegt auf einer versunkenen Kalksteinplattform, die von Cenoten-gespeisten Süßwasserquellen durchzogen ist, was nährstoffreiche Auftriebszonen schafft, die Korallenpolypen und filtrierende Wirbellose versorgen. Mitte der 1990er Jahre hatten das Ankern von Kreuzfahrtschiffen und unregulierte Tauchanbieter Teile der Formationen von Palancar beschädigt; die Ausweisung als nationaler Marinepark führte Bojen, Zonenbeschränkungen und die Naturschutzgebühr von 225 MXN pro Person ein, die jetzt an allen autorisierten Einstiegspunkten erhoben wird. Diese Gebühr finanziert Patrouillenboote und Korallenrestaurierungsprojekte, die von der CONANP, der Nationalen Kommission für geschützte Naturgebiete, verwaltet werden. Ein Cozumel 3-Riffe-Schnorchelausflug mit dem Boot startet zwischen acht und zwölf Uhr von den Puerta Maya oder Punta Langosta Piers, wenn die Windgeschwindigkeit im Durchschnitt unter zwölf Knoten liegt und der Wellengang minimal bleibt. Die Anbieter nutzen 26 bis 32 Fuß lange Pangas, die mit UKW-Funk, Sauerstoffsets und zwei Außenbordmotoren ausgestattet sind, die die elf Kilometer lange Strecke nach Palancar in unter dreißig Minuten zurücklegen können. Die meisten Ausflüge planen 45 Minuten pro Riff ein, wobei Schnorchler über Heckleitern ins Wasser gelangen und entlang des Riffkamms treiben, während das Boot über ihnen kreist. Der Marinepark verbietet das Berühren von Korallen, das Füttern von Fischen oder das Tragen von chemischer Sonnencreme; biologisch abbaubare Alternativen und UV-Schutzshirts sind auf regelkonformen Schiffen Standard.